Durante el largo mandato del presidente Suharto, de 1966 a 1998, la libertad de prensa era inexistente. Actualmente, se estima que hay unos 100 000 periodistas en Indonesia, donde se imprimen más de 300 diarios de información general, como el periódico de referencia Kompas, o el semanal Tempo, que goza de una sólida reputación en el periodismo de investigación. La televisión es una fuente de información de primer orden, con numerosos canales privados, como Indosiar, SCTV o Metro TV, que compiten a nivel nacional con las cadenas públicas de la Televisi Republik Indonesia (TVRI). Dado el gran aislamiento geográfico de ciertas poblaciones, la radio juega un papel determinante en la transmisión de la información. Hay más de 3 000 emisoras, que emiten en una veintena de lenguas además del bahasa indonesia, la lengua nacional.

Las elecciones generales de 2024 representan un momento crucial para la libertad de prensa. A pesar de su programa reformista, los diez años en el poder del presidente saliente Joko Widodo han estado marcados por una serie de promesas incumplidas en materia de libertad de información. Además, en su segundo mandato se han producido concesiones a las fuerzas armadas ultraconservadoras –conocidas oficialmente como Tentara Nasional Indonesia (TNI)--, que impiden cuidadosamente que la prensa cubra su brutal represión de las manifestaciones separatistas en las tres provincias que componen Papúa Occidental, la mitad indonesia de la isla de Nueva Guinea. Esta zona sigue siendo un agujero negro informativo en el que los periodistas no pueden trabajar.

La ley de prensa, promulgada en 1999, permitió poner fin a las prácticas de censura y control de la información de la era Suharto, y crear el Dewan Pers, un consejo de la prensa independiente del gobierno, y que permite arreglar de forma amistosa la mayoría de los litigios relacionados con los medios. Los periodistas, sin embargo, tienen que trabajar bajo la ley Informasi dan Transaksi Elektronik (ITE), que tipifica como delito la difamación y la incitación al odio -aunque estos conceptos no estén claramente definidos-, por los que los periodistas pueden ser condenados a seis años de prisión. La aprobación de un nuevo código penal, en diciembre de 2022, plantea nuevas amenazas al libre ejercicio del periodismo, con varias disposiciones sobre la blasfemia y artículos supuestamente destinados a combatir la "información falsa" que, por el modo en que están redactados,  suponen un grave peligro para el periodismo de investigación.

Una decena de grandes grupos, como Global Mediacomm (MCM), Jawa Pos Group (JPG) o Kompas Gramedia Group (KGG) se reparten el grueso del mercado mediático dirigido al gran público. Ya de por sí volátil, el sector se ha visto debilitado por las consecuencias de la crisis del coronavirus, que ha llevado al despido de numerosos periodistas: entre el 20% y el 30% de la masa salarial de más de la mitad de los medios se ha visto afectada. La radio, que necesita menos inversiones, es el medio en el que más confían los indonesios. La prensa digital, por su parte, adolece de una frágil inversión publicitaria, que se traduce en un nivel de exigencia periodística claramente mejorable.

Siendo el mayor país muslmán del mundo y cuna de la tolerancia religiosa, Indonesia sufre presiones crecientes por parte de ciertos movimientos islamistas radicales. Es el caso, especialmente, de la provincia autónoma de Aceh, en el oeste del archipiélago, donde rige una versión muy estricta de la sharía y donde una policía de la moral dicta lo que los periódicos pueden publicar y lo que no. En el resto del país, la influencia de ciertos ulemas impide a los periodistas abordar determinados temas tabú, como las cuestiones relativas a los colectivos LGBT, la apostasía o el matrimonio de niñas.

Los periodistas que investigan casos de corrupción local son regularmente objeto de actos de intimidación por parte de la policía o de militares de la TNI, que pueden ir desde el arresto hasta la violencia, lo cual fomenta un alto nivel de autocensura. Del mismo modo, cada vez es más difícil cubrir determinadas cuestiones medioambientales, cuando atentan contra importantes intereses privados apoyados por administraciones locales.