در دوران ریاست جمهوری طولانی محمد سوهارتو از ۱۹۶۶ تا ۱۹۹۸ آزادی رسانه‌ها در کشور وجود نداشت. امروز گمان می‌رود اندونزی نزدیک ۱۰۰ هزار روزنامه‌نگار و بیش از ۳۰۰ نشریه داشته باشد. آنها شامل روزنامه کمپس (Kompas) می‌شوند که نشریه‌ای قدیمی است و بیش از نیم میلیون نسخه منتشر می‌کند، و هفته‌نامه تمپو (Tempo) که اعتبار خوبی در زمینه روزنامه‌نگاری تحقیقی کسب کرده است. تلویزیون از منابع اصلی خبر است و شبکه‌های خصوصی بسیاری، جون ایندوزایر (Indosiar)، اس‌سی‌تی‌وی (SCTV) و مترو تی‌وی (Metro TV) وجود دارند که در سطح ملی با رسانه‌ دولتی تلویزی ریپابلیک ایندونژیا (Televisi Republik Indonesia) رقابت می‌کنند. از آنجا که بسیاری از شهروندان اندونزی در نقاط دورافتاده زندگی می‌کنند رادیو نقشی اساسی برای باخبر ساختن آنها ایفا می‌کند. بیش از ۳ هزار ایستگاه رادیویی در کشور وجود دارد که علاوه بر زبان ملی بهاسا اندونزیایی، برنامه‌های خود را به ۲۰ زبان دیگر هم پخش می‌کنند.

رییس‌جمهور جوکو ویدودو (Joko Widodo) که اولین بار با وعده اصلاحات در سال ۲۰۱۴ پیروز انتخابات شد، به وعده خود در زمینه آزادی رسانه‌ها عمل نکرد و انتخاب مجدد او در مه ۲۰۱۹ روشن کرد چگونه مجبور شده است امتیازات ویژه‌ای را برای نیروهای نظامی خیلی محافظه‌کار کشور که با نام رسمی تنتارا ناسیونال ایندونژیا (Tentara Nasional Indonesia) شناخته می‌شوند، اختصاص دهد. ارتش با دقت از پوشش رسانه‌ای استفاده خود از نیروی قاهره برای سرکوب معترضان تجزیه‌طلب در دو استانی که منطقه پاپوا را تشکیل می‌دهند، جلوگیری می‌کند. پاپوا نیمه اندونزیایی جزیره گینه نو است که همچنان سیاه‌چالی اطلاعاتی است و روزنامه‌نگاران اجازه فعالیت ندارند.

قانون رسانه مصوب ۱۹۹۹ به سانسور و مهار اطلاعات در دوران سوهارتو پایان داد و منجر به ایجاد دیوان پرس (Dewan Pers) شد، شورای رسانه‌ای که مستقل از دولت است و با گذر سال‌ها به نهادی مبدل شده است که می‌تواند اکثر اختلاف‌ها و شکایات مرتبط با رسانه‌ها را در خارج از دادگاه حل کند. با این وجود، روزنامه‌نگاران باید با قانون توهین به مقدسات دست و پنجه نرم کنند که انتقاد از مذهب را دشوار می‌کند و همچنین قانون انتشار الکترونیک اطلاعات که بنا بر آن روزنامه‌نگاران به جرم افترا (ماده ۲۷) یا ایراد سخنان نفرت‌پراکن در فضای آنلاین (ماده ۲۸) می‌توانند تا شش سال به زندان بیفتند در حالی که این تخلفات در قانون مذکور به روشنی تعریف نشده‌اند. تصویب و پیاده کردن قانون کیفری جدید در دسامبر ۲۰۲۲ تهدیداتی جدید را علیه فعالیت آزادانه روزنامه‌نگاران ایجاد می‌کند، این قانون بندهایی چند درباره کفرگویی و مقالاتی دارد که مثلا باید با «اخبار کاذب» مقابله کنند و در وضعیت فعلی روزنامه‌نگاری تحقیقی را به شدت به مخاطره می‌اندازند.

نزدیک ۱۰ امپراتوری تجاری، شامل گلوبال مدیاکام (Global Mediacomm)، جاوا پوس گروپ (Jawa Pos Group)، و کمپس گرامدیا گروپ (Kompas Gramedia Group) اختیار بیشتر رسانه‌های اصلی را در دست دارند. این عرصه که پیش از این هم متزلزل بود به تاثیر از همه‌گیری کوودی-۱۹ تضعیف هم شد و باعث شد بسیاری از روزنامه‌نگاران کار خود را از دست بدهند که برابر با ۲۰ تا ۳۰ درصد کارمندان نیمی از رسانه‌ها بود. رادیو که به سرمایه کم‌تری برای تاسیس نیاز دارد رسانه‌ای است که شهروندان اندونزی به آن اعتماد بیشتری دارند. در همین حال، رسانه‌های آنلاین هم از کمبود تبلیغات رنج می‌برند که باعث شده است استاندرادهای روزنامه‌نگاری ضعیفی به کار بسته شود که جای زیادی برای بهبود و تقویت دارد.  

اندونزی که بزرگ‌ترین کشور مسلمان دنیا و مهد مدارای مذهبی است اکنون تحت فشار روزافزون جنبش‌های افراطی اسلام‌گرا قرار دارد. این امر به ویژه در آچه، استانی خودمختار در غرب کشور، صادق است که در آن نسخه سخت‌گیرانه‌ای از شریعت اجرا می‌شود و پلیس اخلاقی به نشریات دیکته می‌کند چه اموری را می‌توانند یا نمی‌توانند منتشر کنند. در سایر کشور هم نفوذ عالمان مسلمان از پرداختن روزنامه‌نگاران به برخی از موضوع‌های تابو، مانند حقوق دگرباشان جنسی، ارتداد و ازدواج کودکان جلوگیری می‌کند. 

روزنامه‌نگارانی که درباره فساد در سطح محلی تحقیق می‌کنند معمولا قربانی اشکال مختلف ارعاب به دست پلیس یا سربازها می‌شوند که از بازداشت تا خشونت جسمی را در برمی‌گیرد. این مساله باعث رواج گسترده خودسانسوری می‌شود. همچنین ممکن است برای روزنامه‌نگاران خطرناک باشد که موضوع‌های زیست‌محیطی را پوشش دهند اگر آن مسائل بر منافع بخش خصوصی تاثیر گذارد یا مورد حمایت مقامات دولتی باشد.